Lợi ích của khai hải quan điện tử được kỳ vọng là rất nhiều. Có thể kể liệt kê ra đây một số lợi điểm chính (so với hình thức khai hải quan bằng giấy): Nhanh hơn, đặc biệt là khâu truyền số liệu, tiếp nhận, và phân luồng tờ khai. Từ đầu năm 2014, với việc áp dụng phiên bản ECUS mới, những công việc này hoàn toàn tự động. Tờ khai được phần luồng chỉ sau 1 vài phút. Tiện lợi hơn khi việc khai báo hải quan có thể thực hiện tại bất kỳ địa điểm nào có máy tính kết nối internet, và trong 24/7 thay vì chỉ vào giờ hành chính như trước đây, chữ ký thường được thay bằng chu ky so. Tất nhiên, nếu lô hàng phải kiểm tra chứng từ giấy, hoặc kiểm tra thực tế, thì người khai vẫn phải làm việc với công chức hải quan vào giờ hành chính, nhưng thời gian cũng rút ngắn đi đáng kể. Giảm đi lại tiếp xúc giữa doanh nghiệp và hải quan. Điều này có lợi cho cả doanh nghiệp, khi việc đi lại tiêu tốn thời gian và chi phí. Cũng có lợi cho hải quan, vì họ giảm bớt áp lực giải quyết công việc trực tiếp với quá nhiều nhân viên thủ tục của các doanh nghiệp. Nhưng có lẽ cũng nên nêu ra một số hạn chế: phần cứng; lỗi phần mềm… và cả một vài bất lợi, do việc ứng dụng bị lợi dụng hoặc chưa triệt để: Bất lợi cho Nhà nước, vì theo nhiều báo đài, nhiều DN lợi dụng hải quan điện tử để̉ trốn thuế́. Bất lợi cho DN: nếu khai sai, khó phát hiện cho đến phút cuối. Trước đây, khi thực hiện tờ khai giấy, và khai từ xa, công chức hải quan trực tiếp tiếp nhận tờ khai và phân luồng. Nếu phát hiện thấy những lỗi nhỏ, có thể sửa chữa ngay, thì họ linh động hỗ trợ bằng cách phản hồi luôn để doanh nghiệp điều chỉnh. Nay hệ thống phân luồng tự động, người khai chỉ phát hiện ra lỗi đó khi đem bộ chứng từ xuống hải quan. Và đôi khi điều đó là quá muộn, nếu hàng xuất tàu, hoặc khai thuê hải quan phải chờ giấy tờ ký từ chủ hàng gửi từ xa tới. Hiện nay có nhiều nhà cung cấp dịch vụ kê khai thuế qua mạng và hải quan điện tử. Bạn có thể tham khảo dịch vụ khai hai quan dien tu vnaccs của FPT. Sử dụng hải quan điện tử để tăng cường hợp tác, trao đổi, thông tin với cộng đồng doanh nghiệp, phấn đấu trở thành đối tác tin cậy của cộng đồng doanh nghiệp, nhằm mục đích đạt được quy trình thông quan đơn giản, thuận lợi, đúng pháp luật.
