Có lẽ file mkv của bạn có 1 file phụ đề đi kèm, khi convert, chương trình chỉ convert file video mà bỏ qua file phụ đề nên dẫn đến tình trạng trên.
Đối với E.M. Total Video Converter 3.7, sau khi bạn chọn file video, bạn nhấn filter, trong phần Video Filters, đánh dấu rồi điền đường dẫn file phụ đề.
Xilisoft conveter mình không dùng nên không rõ lắm.